Como investigar divergência entre a apuração do GUEPARDO Tax e o SPED gerado antes de transmitir?

Discordo em um ponto: não deixaria o arquivo para o fim. Segundo o que li, viu, o produto tem rotinas de pré-validação para achar inconformidade antes da entrega, na esfera federal. Eu rodaria essa pré-validação primeiro, porque ela encurta a lista de suspeitos. Mas a documentação da NTT não afirma que a pré-validação cobre toda diferença de valor. O material que temos não afirma isso; confirme com a NTT ou teste no ambiente.

Soma a camada contábil. A documentação da NTT cita consolidação de documentos fiscais, relatório de conciliação, lançamentos contábeis e pagamento como funcionalidades da apuração de PIS e COFINS. Veja o relatório de conciliação do período e abra os lançamentos contábeis ligados à apuração. Veja, o óbvio: lançamento manual direto na conta do imposto aparece no razão e não na base da apuração. Isso explica diferença sem culpa de arquivo nenhum.

Complementando com a camada seguinte, em lista:

1. Pegue 3 documentos fiscais que entram na apuração e rastreie cada um até o registro do arquivo.
2. Veja se algum documento ficou fora da busca de documentos ou entrou duas vezes.
3. Compare por registro, não só pelo total.

Olha, ao pé da letra, o total só denuncia que existe diferença. Quem aponta o documento é a comparação linha a linha.

Comece pela pergunta mais boba: a apuração que você está olhando é a mesma que gerou o arquivo? Segundo a documentação da NTT, dá para ter várias apurações para o mesmo período e empresa, e só uma é a oficial. Agora, uma ressalva: confira o status e o identificador da apuração usada na geração antes de qualquer outra investigação. Já vi diferença que era tela de uma apuração e arquivo de outra.