Como conciliar os eventos enviados com a apuração do sistema?

O óbvio, né: diferença sem dono vira recorrente. Monte um quadro com origem, valor, causa provável, dono e data de correção, e fixe as classes: erro de dado, ajuste legítimo e pendência. Quando o auditor perguntar, a explicação já está escrita e não depende de memória.

1. Liste os documentos cancelados ou alterados depois do envio.
2. Procure eventos excluídos e reenviados no período (existe evento de exclusão, o R-9000).
3. Compare por competência, não só pelo total.
4. Olhe lançamentos manuais direto na conta do imposto.
5. Só então abra a configuração.

Se não me engano, viu, essa ordem poupa tempo, mas valide no seu ambiente.

Um ponto importante, né: retenção que não bate entre nota, guia, Reinf e saldo contábil quase nunca nasce no módulo de apuração. Nas notas de projeto que consultamos, a causa costuma estar na origem: retenção fora do padrão, fato gerador errado ou tributo retido sem registro. Então a primeira abertura é a nota de entrada, antes do evento. É julgamento, não medição nossa.

Comece pela diferença de total, não pelo evento: some o retido por tributo na apuração e o somado nos eventos enviados do mesmo período. A exceção é, né, quando o total bate e a competência não, o problema é data de fato gerador; se nenhum bate, a diferença está na origem. Segundo a documentação da NTT, o produto tem conciliação de eventos, saldo fiscal e saldo contábil, o que dá onde olhar.