Concordo em parte com quem diz que o maior erro está na configuração inicial, porque também vi isso acontecer. Trabalho numa operação de alimentos já no S/4HANA novo, com equipe interna pequena. No primeiro fechamento, as notas de entrada saíram com a apuração certa na tela e errada no arquivo, e levamos dias para entender a diferença. Reprocessei a configuração duas vezes e revisei as definições de imposto por material, sem achar a causa. Um alerta para quem chega agora: não olhe só a tela, compare o que o sistema gravou com o que foi gerado. Quais erros vocês mais encontram nessa fase, e como detectam cada um antes do fechamento?
Atualização:
Obrigada, Vinícius. Testei o que você sugeriu e o log mostrou a mesma condição de imposto faltando. Um alerta: consegui reproduzir só em um grupo de materiais, o que sugere que o cadastro é mesmo o problema. Vocês usam algum relatório de conferência antes do fechamento, ou fazem tudo manualmente?