Como eu confiro que o arquivo da obrigação reflete a apuração?

Bem, aqui na empresa o desenvolvedor entra na conferência só para explicar de onde vem cada número do arquivo. Peça a ele um mapa de campo: registro do arquivo e origem do dado no sistema. Com o mapa, a pessoa do fiscal confere sem depender de código. Se o mapa não existir, esse é o primeiro item a pedir.

Agora, olha só: compare também o arquivo do período corrente com o do anterior. Variação grande de total sem causa conhecida costuma indicar documento fora do período ou cadastro alterado. Anote a explicação de cada variação relevante. Quem vai assinar a entrega deve ler esse quadro antes; a decisão de transmitir é do responsável tributário da empresa.

Veja, na última auditoria o que pediram foi a trilha completa: do documento ao total da apuração e dele ao registro no arquivo. Um quadro por tributo, com colunas de total dos documentos, total da apuração, total do arquivo e diferença, resolve. Guarde o quadro e as extrações que o sustentam em pasta do período. O validador aceitar o arquivo não prova que ele reflete a apuração.

A gente costuma conferir em ordem fixa: documentos do período, depois a apuração, depois o arquivo gerado. Em cada passo, compare os totais com o passo anterior e anote a diferença. A primeira diferença não explicada é onde a investigação começa.