O documento foi autorizado pelo órgão, mas contabilizado errado. Em que ponto do fluxo o checklist deveria ter pegado isso?

De qualquer forma, pois é, falta definir quem olha. Item de checklist sem dono não existe. Escreva o papel que confere a ponte entre documento e contabilidade, o horário limite no dia e o que fazer se a conta estiver errada: estornar, reclassificar e abrir chamado da causa.

Se a correção só estorna o lançamento e ninguém abre chamado da causa, o erro volta na semana seguinte.

Discordo em parte, e peço desculpa por palpitar no fiscal sendo ABAP. Agora, sem rodeio, a causa mais comum que vejo não é regra errada, é o lançamento feito por outro caminho:

1. nota emitida por caminho sem lançamento contábil automático;
2. lançamento manual direto na conta de imposto.

No item que liga o documento ao lançamento, e esse item costuma faltar. A autorização do órgão prova que o documento é válido, não que a conta está certa.

Como sempre, a pergunta do checklist deve ser: para cada documento autorizado existe um lançamento contábil gerado, e a conta bate com a esperada? Faça uma conferência diária simples: lista dos documentos autorizados do dia com a conta de cada um, comparada com a tabela de contas esperadas por tipo de operação.

Uma alternativa à conferência diária é pegar o erro na origem, a determinação de conta. Uma ressalva, tá: se a conta sai errada, normalmente a regra ou o dado do material está errado, e conferir todo dia só repete o erro.

Eu faria um teste por tipo de operação ao mudar qualquer regra, com nota de teste e olho no lançamento gerado, e deixaria a conferência diária só como rede de segurança. Só a segunda vira correção em massa depois do fato.